1991年7月15日，根据《勃兰登堡州高等院校法》，原来的波茨坦勃兰登堡州立高等学校（BrandenburgischenLandeshochschulePotsdam，前身为1948年至1951年间的“卡尔·李卜克内西”教育高等学校（P?dagogischeHochschule“KarlLiebknecht”））和波茨坦-巴贝斯堡法学及行政学高等学校（HochschulefürRechtundVerwaltungPotsdam-Babelsberg，前身为“瓦尔特·乌布利希”德意志国家和法律科学院（德语：DeutscheAkademiefürStaats-undRechtswissenschaft?WalterUlbricht“））合并，成立了年轻的波茨坦大学。正因如此，波茨坦大学的重点之一仍然是师范教育。建校时任校长的是化学家、后来的勃兰登堡联邦州宪法法庭法官罗尔夫·米茨纳（德语：RolfMitzner）。

位于戈尔姆（德语：Golm）的前东德国家安全部高等学校（德语：HochschuledesMinisteriumsfürStaatssicherheit）校区，如今也属于波茨坦大学，是人类学、数学-自然科学学院所在地。

2009年10月，波茨坦大学从十所德国高校中脱颖而出，被德意志科学基金赞助者联合会（StifterverbandfürdieDeutscheWissenschaft）和德国文化部长常设会议（Kultusministerkonferenz）授予“卓越教学（德语：ExzellenzinderLehre）”荣誉，奖金一百万欧元。尽管这之前，大学一位教授出版的书《UniversalAlgebraandApplicationsinTheoreticalComputerScience》曾受到抄袭指控。